Izin Yayasan Produk Halal Indonesia (YPHI) didapatkan dari Kemenkum dan HAM pada tanggal 11 Pebruari 2013 dengan No. Izin: AHU-286.AH.01.04. Tahun 2013. Didirikan oleh Dr. Muhammad Yanis Musdja dan dibantu oleh Rahmat SH, MH, Ir, Dadi Sutardi, SH. Pendirian YPHI sangat didukung oleh Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (ICMI) DKI Jakarta yang pada waktu itu Ketua ICMI DKI dijabat oleh Andi Anzhar Cakra Wijaya SH dan Sekretris ICMI DKI Ir. Akhmad Sanusi dan Wakil Ketua ICMI DKI Jakarta Dr. Muhammad Yanis Musdja. Pada awal YPHI berdiri, misi YPHI adalah untuk membantu penyusunan UU Jaminan Produk halal, dimana pada waktu itu Dr. Muhammad Yanis Musdja sebagai Dosen HALAL SAINS UIN Syarif Hidayatullah dan mewakili Lembaga Masyarakat (YPHI) diminta oleh Kemenag RI untuk membantu penyusunan UU Jaminan Produk Halal.

Setelah UU Jaminan Produk Halal Indonesia No.33 thn 2014 disahkan oleh DPR RI pada 17 Oktober 2014, misi YPHI lebih banyak melakukan training tentang produk halal untuk Tingkat Nasional dan Internasional yang bekerja sama dengan Lembaga Halal YARSI dibawah pimpinan Prof. Dr. Jurnalis Udin dan Dr. Anna P. Roswim, termasuk untuk analisis kehalalan produk, dimana pada saat ini Universitas YARSI adalah salah satu Universitas yang paling bagus dan lengkap peralatannya untuk analisis produk halal. Disamping itu YPHI membantu Prof. Dr. Sapta Nirwandar menerbitkan Majalah Halal Lifestyle pada awal tahun 2014, dan Prof. Dr. Sapta Nirwandar selalu mendorong dan menfasilitasi agar YPHI segera mempunyai LPH.
Untuk mendirikan LPH YPHI telah diadakan kerja sama sejak awal tahun 2015 dengan PT. RAFA TOPAZ UTAMA dibawah pimpinan Ir. RUDI ANTONI yang bergerak dalam bidang pengadaan dan supplier alat-alat analisis kimia dan peralatan kesehatan di Rumah Sakit. Kerjasama ini difasilitasi oleh Pimpinan Kawasan Industri Pulogadung (JIEP), karena itu LPH YPHI kerja sama dengan PT. RAFA TOPAZ UTAMA sekretariatnya dan laboratoriumnya didirikan di Kawasan Industri Pulogadung (JIEP).

Untuk melakukan pengembangan analisis kehalalan produk YPHI telah melakukan kerja sama dengan Korea Testing Laboratory (KTL). Piagam kerjasa ditandatangani di Seoul pada tanggal 29 Juli 2016, dan KTL telah menghibahkan ke YPHI sejumlah alat analisis halal seperti PCR, GCMS, HPLC dan beberapa peralatan lainnya. Sedangkan untuk penempatannya di laboratorium dibantu oleh PT. RAFA TOPAZ UTAMA.
Begitu juga dengan Lembaga Halal Thailand, YPHI telah melakukan Perjanjian Kerjasama yang dibuat di Bangkok, Thailand pada tanggal 25 Desember 2015, perjanjian kerjasama ini dibuat untuk saling membantu dalam berbagai aspek yang menyangkut kehalalan produk.

Pada tanggal 29 Juni 2019, YPHI mengadakan kerja sama dengan IMPORT-EXPORT SME MALAYSIA HALAL PRODUTS untuk saling menopang dalam tugas masing-masing.

Disamping itu pada tanggal 30 September 2020, YPHI juga melakukan kerja sama dengan Nippon Asia Halal Assocition (NAHA) Jepang, guna untuk saling membantu tentang kehalalan produk dari berbagai aspek.